La sua fondazione probabilmente risale alla fine del 500 quando furono installate le prime tonnare in Sardegna. Affidata nel corso del tempo in concessione a diversi commercianti, la storia della Tonnara si conclude negli anni 70 quando, cessata definitivamente la sua attività, le strutture murarie furono vendute per risanare i debiti delle ultime infruttuose stagioni di pesca. L’origine del borgo di Stintino, databile 15 Agosto 1885, è dovuta alla decisione del Governo italiano di istituire sull’Isola dell’Asinara la stazione sanitaria marittima di quarantena e una colonia penale. In quei tempi l’isola era abitata 45 da famiglie. Il governo, dopo una serie di trattative con gli ex abitanti dell’isola, associatisi nell’unione dei 45, offrì una ”regalia” di 750 lire e la possibilità di scegliere un sito dove potersi insediare.
Data la posizione strategica e il legame che comunque legava gli esuli con l’Isola dell’Asinara si decise che il nuovo paese sarebbe sorto negli ‘”Isthintini“, i quali furono altrettanto decisivi per la scelta del nome del paese: Isthintini – Sthintini – Stintino, che inizialmente si sarebbe dovuto chiamare Cala Savoia.

Sorse così Stintino, ordinato secondo il piano regolatore che divise ordinatamente l’abitato in una stretta penisola fra i due bracci di mare, Porto Vecchio e Porto Nuovo (Portu Mannu), con le sue piccole case adornate con menta e basilico che ci ricordano a primo impatto quelle di Cala d’Oliva. Per gli stintinesi il mare era il ”modus vivendi” a cui erano intimamente e doppiamente legati non solo per fattori economici. La tonnara e la pesca regolavano la vita di questo piccolo borgo e ogni stagione era accompagnata da riti e abitudini.
Alla principale ricchezza del paese, la Tonnara, è seguito il turismo che nei primi anni del 900 portò il borgo a ospitare alcune delle più illustri famiglie della borghesia sassarese, gli Azzena, i Berlinguer, Segni, Silenti, Scotti. Negli anni 60′ i Moratti acquistarono alcuni terreni e costruirono ville e alberghi facendo conoscere Stintino e le sue spiagge per tutto il mondo. Per oltre un secolo Stintino è stato frazione del comune di Sassari, fino al 10 agosto 1988, divenuto comune autonomo. Dopo centotre anni gli stintinesi poterono finalmente decidere le sorti del loro paese.